วัดเสาธงทองเดิมมีชื่อว่า วัดสวนหมาก เนื่องจากเมื่อได้สร้างวัดขึ้น ต้นหมากก็ถูกตัดจนหมด วัดสร้างโดยชาวมอญซึ่งได้มาอยู่ที่เกาะเกร็ดในสมัยกรุงศรีอยุธยา ชาวมอญเรียกว่า เพี้ยะอะล้าต แปลว่า วัดตะวันตก เพราะอยู่ทางทิศตะวันตกของเกาะเกร็ด ต่อมาเจ้าจอมมารดาอัมพา ในรัชกาลที่ 2 พร้อมด้วยกรมหมื่นภูบาลบริรักษ์และกรมขุนวรจักรธรานุภาพได้ร่วมกันบูรณะวัดเมื่อช่วงปลายสมัยพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว และได้เปลี่ยนชื่อวัดมาเป็น "วัดเสาธงทอง" เนื่องจากได้สร้างเสาหงส์หลายต้นปักเรียงรายอยู่หน้าวัด แต่ภายหลังเสาหงส์เหล่านี้ชำรุด พระอุดมญาณมุนี อดีตเจ้าอาวาสจึงให้รื้อถอนออก
พ.ศ. 2440 พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวเสด็จพระราชดำเนินมาประทับแรมที่วัดนี้ 1 คืน และเสด็จนมัสการพระประธานในอุโบสถ จากนั้นทอดพระเนตรการปั้นโอ่งปั้นอ่างที่โรงปั้นโอ่ง หลังจากนั้นยังกลับมาถวายผ้าพระกฐินที่วัดนี้อีกครั้ง
